Μετά την απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου του Δήμου Παύλου Μελά να παραχωρήσει -κατά χρήση- τα Κτίρια Δ και Β4 στο Υπουργείο Πολιτισμού, προκειμένου να δημιουργηθεί το Μουσείο Προσφυγικού Ελληνισμού, το Υπουργείο προχωρά στην ένταξη του έργου στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Κεντρική Μακεδονία» του ΕΣΠΑ 2021-2027. Αυτή η απόφαση συνοδεύεται από την έγκριση της μουσειολογικής και μουσειογραφικής μελέτης για τη μόνιμη έκθεση του μουσείου.
Η μόνιμη έκθεση του μουσείου, που είναι χωρισμένη σε δύο κύρια τμήματα, εξερευνά την ιστορία των ελληνικών προσφυγικών πληθυσμών που εγκαταστάθηκαν στη Θεσσαλονίκη. Το πρώτο τμήμα, που φιλοξενείται στο κτήριο Β4, φέρει τον τίτλο «Από τις γειτονιές της Μικρασίας, στις συνοικίες της Θεσσαλονίκης». Το δεύτερο τμήμα, με τίτλο «Μυρωδιά, Μελωδία, Μνήμη», εκτίθεται στο γειτονικό κτήριο Δ. Αυτά τα δύο τμήματα συνθέτουν μια ενιαία έκθεση που εστιάζει στην προσφυγική εμπειρία.
Η κεντρική ιδέα της έκθεσης αναλύει το προσφυγικό ζήτημα από την εποχή πριν από τη Μικρασιατική Καταστροφή έως σήμερα, εστιάζοντας στην έννοια του «ανήκειν» και της πατρίδας. Αυτές οι έννοιες επηρεάζονται από τις ιστορικές και κοινωνικοπολιτικές συνθήκες της εκάστοτε εποχής. Η έκθεση δημιουργεί δύο «τόπους» που αντιπροσωπεύουν την εμπειρία των προσφύγων: τις γειτονιές τους στην Ανατολή και τις συνοικίες της Θεσσαλονίκης.
Η υλοποίηση αυτής της κεντρικής ιδέας γίνεται μέσω της κατάλληλης επιλογής και συνδυασμού εκθεμάτων και εποπτικού υλικού. Η επιλογή των αντικειμένων έχει ως στόχο να ανακαλέσει μνήμες, προσφέροντας ένα ταξίδι από το «εκεί» στο «εδώ». Οι αναμνήσεις αναβιώνουν μέσα από κείμενα, σκίτσα, σχέδια, φωτογραφίες, καρτ ποστάλ, χάρτες, προβολές, ψηφιακές και ηχητικές εφαρμογές καθώς και διάφορα αντικείμενα.
Η έκθεση βασίζεται σε μια πλούσια συλλογή αντικειμένων και κειμηλίων από την Ιερά Μητρόπολη Νεαπόλεως και Σταυρουπόλεως. Συνολικά, έχουν καταγραφεί, τεκμηριωθεί και ψηφιοποιηθεί 2.718 αντικείμενα, εκ των οποίων τα 1.955 είναι καταχωρημένα στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα (ΟΠΣ) του Υπουργείου Πολιτισμού, με στόχο την εμπλουτισμένη ψηφιακή παρουσία των συλλογών. Για την έκθεση στο κτήριο Β4 επιλέχθηκαν 413 αντικείμενα, ενώ για το κτήριο Δ επιλέχθηκαν 30.
Η πλειονότητα των εκθεμάτων προέρχεται από την Καππαδοκία και την ευρύτερη περιοχή του Πόντου, καθώς και από πολλές άλλες περιοχές της Μικράς Ασίας και της Ανατολικής Θράκης. Το φωτογραφικό υλικό της έκθεσης αντλείται από τη συλλογή της Μητρόπολης Νεαπόλως και Σταυρουπόλεως, το Ιστορικό Αρχείο Προσφυγικού Ελληνισμού (ΙΑΠΕ) και το αρχείο του Μουσείου Φωτογραφίας «Χρήστος Καλεμκερής».
