Ο Γιάννης Μπουτάρης έχει διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στην πολιτική σκηνή της Θεσσαλονίκης από τις αρχές της δεκαετίας του ’90 μέχρι σήμερα, συνδέοντας το όνομά του με την Τοπική Αυτοδιοίκηση και τον προοδευτικό χώρο.
Η πολιτική του πορεία ξεκίνησε το 1992, όταν ίδρυσε την «Ένωση Πολιτών Θεσσαλονίκης». Το 2002 εξελέγη δημοτικός σύμβουλος με τον συνδυασμό «Θεσσαλονίκη Τώρα», του υποψηφίου του ΚΚΕ, Αγάπιου Σαχίνη. Στη συνέχεια, τον Μάιο του 2004, τοποθετήθηκε στην τελευταία θέση του ευρωψηφοδελτίου του ΠΑΣΟΚ, ενώ τον Οκτώβριο του 2005 παραιτήθηκε από τη θέση του δημοτικού συμβούλου για να ενταχθεί στην «Πρωτοβουλία των 4».
Είναι μια από τις πιο εμβληματικές προσωπικότητες της Θεσσαλονίκης και υπηρέτησε ως δήμαρχος της πόλης από το 2011 έως το 2019.
Το 2006, ως ανεξάρτητος υποψήφιος δήμαρχος Θεσσαλονίκης, ηγήθηκε της παράταξης «Πρωτοβουλία για τη Θεσσαλονίκη» και κατετάγη τρίτος, συγκεντρώνοντας σχεδόν 16% των ψήφων. Επίσης, υπήρξε ένα από τα ιδρυτικά μέλη του κόμματος Δράση, υπό την ηγεσία του Στέφανου Μάνου, συμμετέχοντας στις ευρωεκλογές του 2009, χωρίς όμως να εκλεγεί.
Δήμαρχος Θεσσαλονίκης
Το 2010, ο Γιάννης Μπουτάρης κέρδισε τις εκλογές για τη δημαρχία της Θεσσαλονίκης, επικεφαλής του συνδυασμού «Πρωτοβουλία για τη Θεσσαλονίκη». Υποστηρίχθηκε από τα κόμματα ΠΑΣΟΚ, Δημοκρατική Αριστερά, Δράση και την ανεξάρτητη βουλευτή Ντόρα Μπακογιάννη. Στον δεύτερο γύρο, συγκέντρωσε ποσοστό 50,18% (52.191 ψήφους), νικώντας τον υποψήφιο της Νέας Δημοκρατίας, Κώστα Γκιουλέκα, με μόλις 309 ψήφους διαφορά.
Το 2014, επανεξελέγη δήμαρχος Θεσσαλονίκης, με τον συνδυασμό του να κατεβαίνει ως ανεξάρτητος, υποστηριζόμενος από ΠΑΣΟΚ, Δημοκρατική Αριστερά και Δράση. Στον πρώτο γύρο συγκέντρωσε 36,04% και στον δεύτερο 58,11%, αφήνοντας πίσω τον υποψήφιο της ΝΔ, Σταύρο Καλαφάτη.
Κατά τη διάρκεια των δύο θητειών του, ο Γιάννης Μπουτάρης αναγνωρίστηκε για τις προοδευτικές του πολιτικές, τη στήριξή του στην εβραϊκή κοινότητα, τις σχέσεις που ανέπτυξε με επιχειρηματικούς και πολιτικούς κύκλους γειτονικών χωρών, καθώς και για την ανοιχτή πρόσκληση προς τη ΛΟΑΤ κοινότητα της πόλης, με σκοπό την προώθηση της διαφορετικής σεξουαλικότητας.
Επί της δημαρχίας του, εγκρίθηκε η ετήσια διοργάνωση των εκδηλώσεων «Gay Pride», που ονομάστηκε Thessaloniki Pride. Από το 2018, αποφάσισε να μην κατέλθει υποψήφιος στις επόμενες αυτοδιοικητικές εκλογές και από τον Ιανουάριο υπηρέτησε ως δημοτικός σύμβουλος Θεσσαλονίκης με την παράταξη του Σπύρου Πέγκα.
«Μεγάλη επιτυχία η Συμφωνία των Πρεσπών»
Ιδεολογικά, ο Γιάννης Μπουτάρης έχει δηλώσει ότι πρότυπό του είναι το γερμανικό μοντέλο σοσιαλδημοκρατίας του Χέλμουτ Σμιτ. Κατά τη διάρκεια της δεύτερης θητείας του, υποστήριξε τη λύση του Μακεδονικού και στα τέλη του 2017 προσκάλεσε στη Θεσσαλονίκη τον πρωθυπουργό της Βόρειας Μακεδονίας, για να συζητηθούν οι σχέσεις των δύο χωρών.
Μετά τη Συμφωνία των Πρεσπών τον Ιούνιο του 2018, σε συνέντευξή του στους Financial Times, χαρακτήρισε τη συμφωνία μεγάλη επιτυχία, τονίζοντας τα σημαντικά οφέλη που θα έχει για την Ελλάδα και τη Βόρεια Μακεδονία. Επίσης, δήλωσε ότι θα ψηφίσει χωριστά τα κόμματα Το Ποτάμι, Δημοκρατική Αριστερά και ΠΑΣΟΚ, υποστηρίζοντας ότι είναι πιο «ΠΑΣΟΚος από τους ΠΑΣΟΚους» και έχει συγκρουστεί έντονα με τη Χρυσή Αυγή, την οποία έχει χαρακτηρίσει νεοναζιστική.
Επίθεση στον Λευκό Πύργο το 2018
Στις 19 Μαΐου 2018, κατά τη διάρκεια εκδήλωσης μνήμης για τη γενοκτονία των Ποντίων στη Θεσσαλονίκη, δέχθηκε μια οργανωμένη επίθεση από φασίστες, με κλοτσιές, γροθιές και αντικείμενα. Οι δράστες ταυτοποιήθηκαν και τρεις από αυτούς καταδικάστηκαν από το δικαστήριο της Θεσσαλονίκης.
Με αφορμή τα επεισόδια εις βάρος του, ο Αλέξης Τσίπρας εξέφρασε τη στήριξή του στον Γιάννη Μπουτάρη.
Κόντρα με τον Άνθιμο
Λίγο πριν από τις δημοτικές εκλογές του 2010, κατά τον εορτασμό του Αγίου Δημητρίου, ο Γιάννης Μπουτάρης είχε φραστικό επεισόδιο με τον Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης, Άνθιμο. Ειδικότερα, είχε δηλώσει ότι «δεν είμαι ενάντιος στην εκκλησία, αλλά ο Άνθιμος μου θυμίζει μουτζαχεντίν», προσθέτοντας ότι «αντί να κάνει συσσίτια για τους απόρους, κάθε εβδομάδα αλλάζει άμφια».